在纽约,当时一些正在受袭击点上方的世貿中心人员逃往楼顶求救;但由于烟雾和巨大的热量,直升机无法靠近大楼进行援救,使得位于顶层的人员最終全部死亡;还有一些人可能因无法忍受强烈的热度而从大楼跳下身亡,此举也令地面上的部分人员被砸死,包括九一一事件中第一位殉職的消防員丹尼爾·蘇爾(Daniel T. Suhr)。据报道,其中1638具尸体已经得到辨认,但其余1115人的尸体未寻获。报道称有大约“10,000根骨头或人体组织无法辨认”。此外,另有24人正式列为失踪人士。[27]
2016年3月3日,原临时车站,以世界貿易中心交通樞紐(World Trade Center Transportation Hub)為名重新啟用。新車站由西班牙建築師聖地牙哥·卡拉特拉瓦設計,此外在原柏樹街155號的希臘正教會聖尼古拉堂,是襲擊事件中除世界貿易中心以外唯一完全被摧毀的建築物,後在紐約與新澤西港務局的開發下進行重建工程,並在2021年9月11日,即事發20週年後舉辦點燈儀式,預估在2022年4月完工。[66]
在2004年的九一一事件紀念日,世贸中心双子塔楼遗址上亮起的紀念之光(Tribute in Light),直射向纽约的夜空。